Muhasebe müdürlükleri, ildeki veya Bakanlığın görevlendirmesi halinde il dışındaki genel bütçeli dairelerin saymanlık hizmetlerini yürütürler. Ayrıca, görev alanları içindeki her türlü saymanlığın Bakanlığa göndereceği dönem sonu ve diğer hesap bilgilerini toplar, kontrol ederek belirlenen usul ve esaslara göre merkeze gönderirler; saymanlıklar arasında koordinasyonu ve uygulama birliğini sağlamak üzere defterdar adına belirlenecek görüş ve önerileri hazırlarlar.

Muhasebe müdürlüğünde bir müdürün yönetimi altında yeterli sayıda müdür yardımcısı ile şef ve diğer personel çalıştırılır.

Muhasebe müdürleri, sayman sıfatını taşırlar ve Sayıştay’a hesap verirler. Ancak, Bakanlıkça belirlenecek esaslar çerçevesinde müdür yardımcılarına saymanlık yetki ve sorumluluğu devredilebilir. Bu durumda da muhasebe müdürleri sayman sıfatı ile saymanlığın hesaplarını bir bütün olarak Sayıştay’a vermeye devam ederler.